Hapiste Sağlık Tematik Alanı hasta mahpusların yaşadıkları hak ihlallerinin araştırılıp, görünür kılınmasını sağlamakta ve var olan sorunlar ve ihlallere yönelik kamuoyuna bilgi vermektedir. Hasta mahpuslara iletişim kurarak taleplerine, ihtiyaçlarına, şikayetlerine cevap olmayı, sağlık alanında sahip oldukları haklara ilişkin bilgi vererek yaşadıkları sorun ve problemleri aza indirmeyi amaçlamaktadır.
2012 yılından bu yana Türkiye hapishanelerinde bulunan yabancı uyruklu mahpusların insan haklarını korumak ve geliştirmek amacıyla savunuculuk, izleme ve değerlendirme faaliyeti yürütmektedir. Hapiste Yabancı Tematik Alanı, yabancı mahpuslar ile iletişime geçerek hapishanelerde yaşanan hak ihlallerine ilişkin ulusal ve uluslararası mekanizmalara insan hakları başvuruları yapmakta ve çözüm önerileri geliştirmektedir.
Öğrenciyken tutuklanan ve öğrenimine devam etmek isteyen kişilerle hapishanedeyken öğrenimini sürdüren, girdiği sınavlar sonucunda üniversiteyi kazanan mahpuslar kayıt ve sınavlara katılımdan, ders materyallerine erişime, ders çalışma koşullarından teknolojiye erişime kadar ciddi sorunlar yaşamaktadır. Yürütülen çalışma bir yandan mahpusların öğrenim hakkının elde edilmesini amaçlar.
Hapiste LGBTİ+ Tematik Alanı, hapishanelerdeki LGBTİ+ mahpusların haklarını savunmak ve yaşam koşullarını iyileştirmek amacıyla çalışmalar yürütmektedir. Bu tematik alan, cinsel yönelimi veya cinsiyet kimliği nedeniyle ayrımcılığa uğrayan, hak ihlalleri yaşayan veya özel ihtiyaçları göz ardı edilen LGBTİ+ mahpusların sorunlarını ele alır. Resmi belgelerde cinsiyet hanesinde ne yazdığı fark etmeksizin kendini LGBTİ+ olarak tanımlayan tüm mahpuslar bu çalışmaların kapsamındadır.
Ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası, Türkiye’de idam cezasının kaldırıldığı 2002 yılında bu cezanın yerine getirilmiş ve Türkiye Cumhuriyeti kanunlarına göre bir kişiye verilebilecek en ağır ceza haline gelmiştir. Türkiye’nin taraf olduğu uluslararası sözleşmelere göre infaz koşulları ağır insan hakları ihlalleri içeren bu ceza, kamuoyunda kendisine çok sınırlı olarak yer bulmuştur.
Hapiste İşçi teması, hapishanelerde çalışan işçi mahpusların yaşadıkları hak ihlallerinin araştırılıp görünür kılınmasını sağlamak ve var olan sorunlar ve ihlallere yönelik kamuoyunu bilgilendirmek için çalışmalar yürütür. Bu çalışma alanı işçi mahpuslar ile iletişim kurarak işçi mahpusların şikayetlerine, taleplerine, ihtiyaçlarına cevap olmayı amaçlamaktadır. Bu alana gelen şikayet ve talepler üzerine insan hakları başvuruları ve raporlamalar yapılır.
Hapiste Kadın tematik alanı, mektuplaşma, insan hakları başvuruları, haber taraması, soru önergesi verilmesi ve mevzuat değişikliği için yürüttüğü lobicilik çalışmalarıyla hem kadın mahpusların sorunlarıyla ilgilenmekte hem de infaz sisteminin toplumsal cinsiyete duyarlı bir yaklaşım kazanabilmesini amaçlamaktadır. Birinci baskısı 2016 yılında gerçekleşmiş olan Türkiye’de Kadın Mahpus Olmak kitabı ile kadın mahpusların genel durumları, özgün ihtiyaçları ve karşılaştıkları hak ihlalleri ayrıntılı olarak incelenmiştir.
Türkiye’de çocuklar, 12-18 yaş arasında kendi yargılama dosyaları dolayısıyla, 0-6 yaş arasında ise annelerinin yargılama dosyaları dolayısıyla hapishaneye gönderilebilirler. CİSST, çocukların hapsedilmemesi gerektiğini ve suçla ilişkilenen çocukların risk ve ihtiyaçlarının tespiti ile hapishane yerine daha onarıcı yöntemler bulunması gerektiğini savunur. Bu ideal gerçekleşene kadar da hapishanedeki çocukların tutulma şartlarının görünür kılınması ve iyileştirilmesi için araştırma, izleme, savunuculuk ve raporlamalar yapar, öneriler geliştirir.
Sosyal hayata katılımları kapatılma alanları dışında dahi oldukça zorlaştırılmış olan engelli bireylerin, hapishanelerde karşılaştığı engel ve zorlukları olabildiğince aza indirgemeyi, engellilik dolayısıyla var olan ihtiyaçların karşılanmasını ve yaşanan hak ihlallerinin duyurulmasını amaçlamaktadır. Hapiste Engelli Teması, engelli mahpusların sosyal haklara erişimlerinin son derece önemli insan hakları meselelerinden olduğunun farkındalığıyla hapishane ortamlarının engelli mahpuslar için erişilebilir alanlar olması ve engelli mahpusların karşılaştığı hak ihlallerini engellemek üzere izleme, raporlama ve savunuculuk yapar.