Tematik alanlar, CİSST’in savunuculuk ve izleme faaliyetlerinin merkezinde yer almaktadır. Özel ihtiyaçları olan mahpus gruplarını ve bu ihtiyaçları görünür kılmak amacıyla oluşturulan tematik alanlar, farklı alanlarda çalışan sivil toplum örgütlerini de hapishane alanında mobilize etmektedir.
Mevcut durumda, dernek bünyesinde 9 tematik alan bulunmaktadır. Bu tematik alanlar ağırlaştırılmış müebbet, çocuk, engelli, işçi, kadın, LGBTİ+, öğrenim hakkı sağlık ve yabancı‘dır.
